उज्जैन में मुख्य मंदिर में या अन्य विभिन्न शिव मंदिरों में रुद्राभिषेक पूजा भगवान शिव को प्रसन्न करने और उनका आशीर्वाद पाने का एक अत्यंत शक्तिशाली वैदिक अनुष्ठान है। इसमें शिवलिंग पर पंचामृत, जल, दूध और बेलपत्र अर्पित करके मंत्रोच्चार किए जाते हैं。यह पूजा कष्टों के निवारण और सुख-समृद्धि के लिए की जाती है। रुद्राभिषेक पूजा में लगभग 45 मिनट से 1.5 घंटे का समय लगता है। उज्जैन में कभी भी किसी भी दिन लघु रुद्राभिषेक या महारुद्राभिषेक पूजन करा सकते है ।